Construida entre 1863 al 1864 y calificada como monumento histórico en 1984. Al principio  los judíos fueron reunidos todos en Marsella por que eran muy pocos. Napoleón III sería el que constituyó un consistorio regional reuniendo a todas las comunidades en los departamentos de Ródano, Loira, Isere, Jura, Saona y Doubs. El 24 de junio  el primer rabino jefe asumió el cargo. El 4 de mayo un nuevo templo  se  abría en la plaza de Bellecour. Hoy en día la sinagoga de Lyon situada junto al río coordina actividades culturales y educativas de varias sinagogas del Ródano-Alpes Centro.

Uno de sus rincones del interior es el denominado «el arca de la Torá».